El CUCS se formó sobre la base de las antiguas facultades de Medicina (fundada en 1792), Odontología (1925), y Psicología (1976), además de algunos centros de investigación, entre los que destacan el Instituto de Patología Infecciosa y Experimental “Francisco Ruiz Sánchez”, el Instituto de Neurociencias y Psiquiatría (1959) y el Instituto Regional en Salud Pública (1984). Cuenta para su trabajo clínico-académico con amplias instalaciones que se extienden a varios recintos hospitalarios.

El Centro Universitario se conforma por tres divisiones: Disciplinas Básicas, Disciplinas Clínicas y Disciplinas para el Desarrollo, Promoción y Preservación de la Salud y los 19 departamentos siguientes: Ciencias Sociales, Clínica de Reproducción Humana y Crecimiento Infantil, Clínicas de Salud Mental, Clínicas Médicas, Clínicas Odontológicas Integrales, Clínicas Quirúrgicas, Ciencias del Movimiento Humano, Educación, Deportes, Recreación y Danza, Enfermería para la Atención, Desarrollo y Prevención de la Salud Comunitaria, Enfermería Clínica Aplicada, Fisiología, Disciplinas Filosófico Metodológicas e Instrumentales ,Morfología, Neurociencias, Odontología para la Preservación de la Salud, Patología, Psicología Aplicada, Psicología Básica, Salud Pública y Biología Molecular y Genómica.

Ofrece 93 programas docentes, de los cuales 9 son de programa posbásico, 2 en profesional medio, 3 en técnico superior, 7 de licenciaturas, 54 especialidades, 10 maestrías y 8 doctorados. La población escolar total que atiende es de 12,372 alumnos, 971 en el nivel medio superior, 585 en programas de técnico superior, 8,540 en licenciatura, 1,937 en especialidades, 170 en maestría y 169 en doctorado. El personal académico que atiende esta matrícula es de 1,587 de los cuales 55 son profesores de tiempo completo.

En generación y aplicación del conocimiento, se cuenta con los centros de investigación siguientes: Terapias génicas en enfermedades crónicas degenerativas. Remodelación de matriz extracelular en cirrosis hepática. Mecanismos moleculares en fibrosis renal. Génes y medio ambiente. Factores inmunogenéticos de la presión arterial y de las situaciones de riesgo vascular. Epidemiología y servicios de salud. Sexualidad, género y salud. La plantilla de académicos dedicados a la investigación es de 214 profesores-investigadores de tiempo completo y 7 de medio tiempo, 96 de éstos pertenecen al Sistema Nacional de Investigadores.

Como apoyo a las actividades académicas, el centro universitario posee cuatro bibliotecas, con 24,479 títulos (40,805 volúmenes); además en cómputo se dispone de 1,602 equipos para servicio académico.

Además este centro, desde su creación, goza de una amplia trayectoria en servicio comunitario a través de brigadas que recorren las zonas más marginadas del Estado de Jalisco y de servicios económicos de salud (médicos, odontológicos y psicológicos) para la población en general.