Es el máximo órgano de gobierno de la Universidad de Guadalajara.
El Consejo General Universitario está integrado por el Rector General, el Vicerrector Ejecutivo, el Secretario General, los Rectores de Centros Universitarios, el Director General de SEMS, por directores de escuelas, por representantes del personal académico, administrativo, y alumnos, los cuáles son elegidos anualmente a través del voto directo, universal y secreto de sus pares.