"He resuelto a consulta del nominado mi Consejo de Indias, el quince marzo de este año (1791), se erija y establezca una Universidad en esa ciudad (Guadalajara de la Nueva Galicia), y que se la aplique solamente el edificio del Colegio de Santo Tomás, que fue de los regulares expulsos, y los capitales de sus obras pias claras y positivas, con la precisa obligación de cumplirlas, costeando la mutación del edificio que fuese necesaria, de los propios de esa ciudad,.. Yo, el Rey,.."

_{* Palacio de San Lorenzo del Escorial, 18 de noviembre de 1791. Carlos IV de Borbón, Rey de Espana, ante su Secretario, Antonio Ventura de Taranco}.

Inserta en el marco feudal de la Edad Media aparece la institución de la Universidad dentro de los ordenamientos legales de las diversas cortes católicas europeas, reglamentando 10 conducente para otorgar estudios, impartiéndose de manera exclusiva estos conocimientos a los hijos de los hombres principales, quienes, para formar parte de estas corporaciones, debelan justificar fehacientemente la posesión de un título nobiliario.

Tradicionalmente han sido fines básicos de todas las universidades las actividades propias de la docencia, la investigación y la difusión de la cultura. Sin embargo, los prejuicios del medievo y el oscurantismo impuesto por el alto clero en todo lo relacionado a la investigación, llevó a estos lugares de la cultura a desarrollar apenas actividades, denominadas por esos tiempos studium generale, y que no eran otra cosa sino la continua repetición de los conocimientos calificados como “verdades universales” por la censura eclesiástica.

Todo parece indicar que las primeras universidades europeas aparecieron entre los siglos XIII y XIV, y de ellas guardan la tradición más antigua los claustros de Salamanca, la Sorbona de Paris, Viena, Bolonia, Oxford y Praga.

La creación de la Real y Literaria Universidad de Guadalajara fue el resultado de una larga y penosa secuencia de comunicaciones entre las autoridades civiles y eclesiásticas de la Nueva Galicia y la Corona Española a lo largo del siglo XVIII, a instancias del obispo Fray Antonio Alcalde. La Real Cédula de la Fundación, expedida por Carlos IV el 18 de noviembre de 1791, se envió a las autoridades de la Nueva Galicia, por órdenes de Antonio Ventura de Taranco. Dicho legajo fue recibido por las autoridades coloniales del Reino de la Nueva Galicia el 26 de marzo de 1792, festejándose la noticia en la forma acostumbrada por ese entonces, Señalado el antiguo Colegio de Santo Tomás de Aquino como recinto oficial de la Real y Literaria Universidad de Guadalajara, el Ayuntamiento de la ciudad ordenó de inmediato la restauración y acondicionamiento del inmueble. El frontispicio ostento, en atención a las órdenes del Rey, la siguiente inscripción latina, en recuerdo de su fundación:

REGIA, GUADALAXARENSIS. SCHOLA SUB CAROLO IV ET ALOISIA, AUGUSTIS. M D C X C II

La ceremonia de fundación se efectuó el 3 de noviembre de 1792, en et remozado inmueble y atendiendo a un complicado programa. Su primer Rector fue el Dr. Pbro. Don José Maria Gómez y Villaseñor. El cuerpo docente de la Real y Literaria Universidad de Guadalajara se vio sujeto, para su integración, a los concursos convocados por el Rector, mismos que limitaban la comparecencia de candidatos al examen de admisión por oposición, practicado exclusivamente a los sacerdotes franciscanos, dominicos y mercedarios.

Con poco mas de tres meses de anticipación a la firma del acta de independencia de México, el 14 de junio de 1821, juró obediencia at Plan de Iguala el Rector Diego Aranda y Carpinteiro, en nombre de la Universidad de Guadalajara, ante el general brigadier Pedro Celestino Negrete, primer Portada de la Real Cédula constitutiva de la jefe del Ejercito Trigarante en la Provincia de la Nueva Galicia. En consecuencia, fue cambiado el titulo de “Real y Literaria Universidad de Guadalajara”, por el de “Universidad Nacional”, quitando de su blasón las armas de España para fijar en su lugar el nuevo escudo nacional mexicano.

Para 1847, Joaquín Angulo, en su calidad de Gobernador de Jalisco, luego de decretar la segunda clausura de la Universidad estructuró un bien organizado Plan de Educación que permitiría la coexistencia armónica del Instituto de Ciencias y la Universidad de Guadalajara, siempre y cuando ésta se sujetase a los lineamientos generales del mismo. En 1853, el Gobernador José Maria Yáñez decretó la fusión del Instituto de Ciencias del Estado con la Universidad de Guadalajara, guardándose el nombre de la última; situación que prevaleció hasta el año de 1855, cuando el Gobernador Santos Degollado cerró la Universidad de Guadalajara y restableció en sus funciones al Instituto de Ciencias del Estado,

El año de 1860 constituyó el desenlace de la vida decimonónica de la Universidad de Guadalajara, dado que por decreto del Gobernador Adrian Woll se acordó, en marzo de ese año, restablecer la Universidad de Guadalajara. Sin embargo, una vez recuperada la capital de Jalisco por el ejército liberal en noviembre, y depositado el Gobierno en manos de Pedro Ogazón, el 2 de diciembre se clausuró definitivamente la Universidad de Guadalajara, habilitando en su lugar el Instituto de Ciencias del Estado para que se hiciera cargo de la educación superior. Para atender los estudios de bachillerato se reorganizó en 1861 el Liceo de Varones.