Durante el siglo XIX, la Universidad fue acusada de conservadora y constituyó un instrumento más de las continuas luchas entre liberales y conservadores.

La Universidad mantuvo prácticamente igual su estructura corporativa, variando tan solo su carácter institucional y, en consecuencia, la titularidad del patronato.

De la consumación de la independencia a la proclamación de Agustín de Iturbide como emperador, continuó denominándose Peal porque se esperaba que el mismo Fernando VII, o algún príncipe de la dinastía Borbón, ocupara el trono, lo que por supuesto no ocurrió. De la proclamación del primer Imperio Mexicano a la abdicación del emperador Agustín I fue imperial; y a partir del establecimiento de la república fue nacional. La titularidad del Patronato universitario se ejercía a través del Ejecutivo estatal.

El 16 de enero de 1826 el Congreso del Estado de Jalisco decretó la primera clausura de la Universidad de Guadalajara, y el 29 de marzo el gobernador del estado, Prisciliano Sánchez Padilla, fundó la institución que habría de sustituirla: el Instituto de Ciencias del Estado de Jalisco, a cuyo frente nombró al matemático trances Pierre Lissaute.

La nueva institución fue inaugurada el 14 de febrero de 1827 y se introdujeron las materias de Gramática, Matemáticas, Arquitectura, Medicina legal y Derecho constitucional, entre otras.

El 1° de septiembre de 1834 el gobernador del estado de Jalisco, José Antonio Romero, decretó la primera restauración de la Universidad de Guadalajara y la supresión del Instituto de Ciencias.

Reanudó su periodo rectoral el doctor José Cesáreo de la Rosa, el cual concluyó en 1835; se elaboró un nuevo plan de estudios y se introdujo la cátedra de Matemáticas; durante la visita del presidente de la república Antonio López de Santa Ana a Guadalajara, la Universidad le ofreció una función literaria que desempeñó con gran aceptación el doctor Ignacio Mateo Guerra.