La separación entre el Estado y la Iglesia dio fundamento al impulso de la educación pública en Jalisco, congruente con el pensamiento liberal mexicano que predominó después de la última clausura de la Universidad de Guadalajara. Por una parte, el alto clero mexicano, empecinado en conservar los esquemas de la Real y Literaria Universidad de Guadalajara, solicitó al Papa Pío IX le autorizara fundar, precisamente en la diócesis de Guadalajara, un centro de estudios religiosos que confiriera los más altos grados académicos a los sacerdotes. A su vez, el Gobernador de Jalisco, Pedro Ogazón, dispuso, al cerrar a la Universidad de Guadalajara, que la enseñanza media con validez oficial fuera atendida exclusivamente por el Liceo del Estado y la superior, por el Instituto de Ciencias de Jalisco.

Las vicisitudes políticas que sufriera el Estado mexicano durante el siglo XIX alcanzaron un punto álgido en el año de 1862, con la intervención de Francia y la formación del Imperio Mexicano de Maximiliano de Habsburgo. La ciudad de Guadalajara fue tomada al correr 1864 por las tropas del mariscal Aquiles Bazaine, estableciendo el gobierno imperial del que llegó a ser el Departamento de Jalisco. El comisario imperial Jesús López Portillo intentó reorganizar a la educación superior pero, ante la inconsecuencia de los emperadores, se produjo el fracaso más absoluto en esta materia, regresando a los viejos esquemas de la enseñanza clerical.

En 1867, como resultado de las fragorosas batallas entre republicanos e imperialistas, se produjo la retirada de las tropas francesas enviadas por Napoleón III y la derrota final del gobierno de Maximiliano. Con esto, Jalisco recuperó su carácter de entidad federativa. De conformidad con el texto del informe presentado por el Gobernador sustituto, Emeterio Robles Gil, ante el Congreso del Estado el 15 de marzo de 1869, se regularizaron, durante su breve mandato, los servicios de instrucción secundaria y superior, dependientes del organismo que denominó el ejecutivo local como la “Junta Directora de Estudios” enfatizando que ya impartían cátedras y se habían verificado exámenes en los Liceos de Varones y de Niñas, así como en el Instituto de Ciencias del Estado.

Ciertamente la figura coordinadora del Instituto de Ciencias del Estado, heredera de la extinta Universidad de Guadalajara, perdía representatividad en el contexto de la educación superior, decayendo paulatinamente en sus funciones, dado que todas las actividades del ramo educativo quedaron bajo la influencia administradora de la Junta Directora de Estudios lo que ocasionó que aparecieran luego, más fuertes e independientes entre sí, las distintas Escuelas y Facultades que servían a este nivel escolar. A pesar de las rebeliones encabezadas en 1871 y 1876 por el General Porfirio Díaz Mori, no se alteró la vida interna del Instituto de Ciencias del Estado permitiéndose en todo momento el desarrollo académico de sus tres departamentos: Jurisprudencia, Medicina e Ingeniería.

En su informe del 2 de febrero de 1893, el Gobernador Sustituto, Francisco Santa Cruz, habla del desenvolvimiento de las instituciones docentes nivel medio; y superior, dependientes de la Junta Directora de Estudiantes, y que eran precisamente los Liceos de Niñas y Varones, las Escuelas de Ingenieros, de Jurisprudencia, Normal de Profesores y la Práctica anexa a la Normal.

El Gobernador porfirista, Luís del Carmen Curiel, en su informe del 2 de febrero de 1895, explicó sobre el estado de la administración pública jalisciense, que... “Las escuelas profesionales han seguido su marcha regular, produciendo buenos resultados”, pese al escaso apoyo otorgado al ramo.

Al Gobernador Miguel Ahumada le correspondió la tarea de reactivar el subsistema de la educación media y superior en la entidad, la que había sido casi aniquilada por su predecesor. No obstante el empeñoso esfuerzo de los gobiernos porfiristas en Jalisco, donde se puso en práctica la leyenda “mucha administración y poca política”, las carencias sociales y el despotismo del gran capital gastaron el viejo sistema, pese a todos los apuntalamientos intelectuales del positivismo. Al triunfo de la revolución de 1910 se desató la efervescencia política en el estado, lo que ocasionó una sucesión extraordinaria de gobernadores, cuya brevedad en el cargo impidió concretar avances en la administración pública.

Fue el ingeniero Emeterio Robles Gil quien se hizo cargo del abandonado ramo educativo estableciendo un par de reformas que habrían de repercutir de manera inmediata en la vida de Jalisco. La primera, consistió en fusionar la antigua Escuela de Medicina y Farmacia con el Hospital Civil de Guadalajara; y la segunda, la de clausurar la Escuela Normal Mixta, para fundar en su lugar dos Escuelas Normales, para profesores y profesoras.

Fue Manuel M. Diéguez, en su condición de general de brigada al mando de las tropas del sur de Sonora, a quien correspondió la tarea de ocupar la ciudad de Guadalajara, considerada como la plaza más importante en el occidente del país. Entre 1914 y 1915 el gobierno constitucionalista de Diéguez expidió los decretos 7, 10. 14, 21, 24, 29, 40, 70, 71, 77 y 86, por los que se buscó transformar el sentido de la educación, al separar los elementos clericales de los centros de instrucción y normando jurídicamente el sentido popular y práctico de la enseñanza. Jalisco en este sentido, marcó la vanguardia a nivel nacional con la puesta en práctica de estas reformas.

Entre lo más destacado de la administración de Diéguez se encuentra la creación de la Escuela Preparatoria de Jalisco; en sustitución del Liceo de Varones para que la educación media superior encargada al Estado asumiera los nuevos cauces emanados de la lucha armada. Por su parte, El Gobernador Luis Castellanos y Tapia impulsó una política educativa de descentralización a partir de 1920, suprimiendo bajo una serie de argumentos económicos la llamada Dirección General de Instrucción Pública, y creando en su lugar, dentro de cada Escuela o Facultad dependiente del Gobierno del Estado, una “Junta de Profesores”, a la que se encargarla la organización, administrativa y dirección técnica del propio establecimiento.

Al inicio de la gestión administrativa del Gobernador José Guadalupe Zuno Hernández, se decretó la supresión del Departamento de Educación Preparatoria y Profesional, promoviéndose las reformas correspondientes a la Ley Orgánica de Educación Pública dentro del trámite ordinario que siguió el Congreso local, y formándose una sección especial dentro de la Secretaría General de Gobierno, para atender las direcciones técnicas y administrativas de las Escuelas de Medicina, Farmacia, Jurisprudencia, Preparatoria de Jalisco, Normal para Maestros, Normal y Preparatoria para Señoritas, Comercial para Señoritas y la Biblioteca Pública del Estado.