Durante este periodo desapareció la denominación “Universidad de Guadalajara”, y sólo el último rector, doctor Juan Nepomuceno Camarena y Zepeda, intentó restaurarla con el titulo de Imperial; sin embargo, la iniciativa no prosperó, por no estar acorde con los planes de los invasores, que más bien pretendieron centralizar la educación superior en la capital del país.

La enseñanza media y superior pasó al dominio directo del Gobierno del Estado de Jalisco, regulándola por medio de los siguientes organismos:

• la Junta Directiva de Estudios del Estado, de 1868 a 1893;
• la Dirección de Instrucción Pública del Estado, de 1893 a 1903;
• el Consejo Superior de Instrucción Pública del Estado y la Dirección de Instrucción Pública del Estado, de 1903 a 1920;
• el Departamento de Educación Preparatoria y Profesional del Estado y la Dirección General de Educación y Beneficencia Públicas del Estado, de 1920 a 1925.
• Estado y la Dirección General de Educación y Beneficencia Públicas del Estado, de 1920 a 1925.

Las escuelas de Medicina, Jurisprudencia e Ingeniería y los liceos de varones y de niñas fueron instituciones donde se siguió impartiendo la enseñanza media y la superior, que por lo general sufrieron menoscabo en sus actividades académicas por el escaso apoyo gubernamental que recibían. La Escuela de Ingenieros fue suprimida y tuvo que ser sustituida por la Escuela Libre de Ingenieros, fundada el 12 de diciembre de 1901 por el ingeniero Ambrosio Ulloa.

Debido a la decadencia de la instrucción pública emergieron instituciones privadas para subsanarla, tales como la Escuela Católica de Jurisprudencia, el Liceo Católico y el Instituto San José, incluso se llegó a pensar en establecer la Escuela Libre de Medicina.

Durante la Revolución mexicana la educación fue impulsada por el gobernador del estado Manuel Macario Diéguez Lara, quien la declaró de interés publico, le destinó un impuesto especial y creó, en 1914, la Escuela Preparatoria de Jalisco en sustitución del Liceo de Varones.